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Pannello dei Patogeni Gastrointestinali

Revisore:

Dr.ssa Rita Caldarelli - ASST Melegnano e Martesana, PO Cernusco sul Naviglio

Dr.ssa Paola Pauri – UOC Patologia Clinica AV2 JESI

In Sintesi

Perché?

Per determinare, in particolari situazioni, mediante metodi molecolari, se è presente un’infezione del tratto digestivo dovuta a batteri, parassiti o virus.

Quando?

In presenza di segni e sintomi come febbre, diarrea, dolori addominali, nausea e/o vomito; in presenza di feci con sangue o muco e/o disidratazione.

Il campione

Un campione di feci fresco, raccolto in un contenitore sterile; le feci non devono essere contaminate con acqua o urina e, una volta raccolto, il campione deve essere messo in speciali contenitori contenenti soluzioni che permettano la conservazione del materiale genetico.

La preparazione

No, nessuna.

L'Esame

Le infezioni dell'apparato gastrointestinale (infezioni GI) possono essere dovute ad una grande varietà di virus, batteri o parassiti. Le diarree infettive sono una causa importante di morbilità e mortalità in tutto il mondo, soprattutto nei bambini piccoli (specialmente se malnutriti), nei soggetti anziani e negli immunocompromessi. L’OMS nel 2017 ha stimato che si realizzano circa 1,7 miliardi di casi all’anno nel mondo, con più di 500.000 decessi nei bambini di età inferiore ai 5 anni.

Le infezioni dell'apparato gastrointestinale sono caratterizzate da sintomi quali nausea, vomito e diarrea (3 o più scariche al giorno di feci non formate/liquide o aumento della frequenza delle evacuazioni giornaliere - con emissione di feci non formate - rispetto alle normali abitudini della persona) che nelle forme più gravi e, soprattutto nel bambino, portano ad una delle conseguenze più temute della malattia: la disidratazione.

Tradizionalmente la diagnosi di laboratorio delle infezioni GI si è basata su una combinazione di tecniche convenzionali: microscopia, coltura, ricerca di antigeni, saggi real-time PCR per singolo agente. Con tali tecniche i tempi di esecuzione sono abbastanza lunghi, l’impegno degli operatori è significativo ed è necessario ricorrere ad una combinazione di test diversi perché la stessa sintomatologia può essere causata da molti agenti diversi. I principali svantaggi dei test colturali sono rappresentati dalla necessità di esaminare rapidamente un campione emesso da poco e dal fatto che l’assunzione di antibiotici può causare una negatività della coltura. I vantaggi dei metodi colturali sono la possibilità d'identificare la specie e di effettuare un antibiogramma.

Negli ultimi anni, sono stati sviluppati metodi molecolari singoli, che rilevano materiale genetico (RNA o DNA) di un singolo agente e pannelli multiplex, così definiti perché rilevano i germi più frequentemente implicati nello stesso campione di feci, con una maggiore sensibilità ed in un tempo molto più breve rispetto ai metodi convenzionali: 1-4 ore rispetto a 36-48 ore. I costi di questi pannelli sono di molto superiori a quelli dei metodi convenzionali, ma permettono una

diagnosi più sensibile e rapida in certe situazioni: pazienti affetti da forme gravi, soggetti immunodepressi, anziani, epidemie gravi e diffusive. Un risultato negativo inoltre permette di evitare la somministrazione di antibiotici.

I pannelli multiplex sono anche in grado d'identificare le co-infezioni, ossia le infezioni causate da più microbi contemporaneamente, e d'identificare alcuni microrganismi talvolta non rilevati con le metodiche tradizionali.

I pannelli multiplex in commercio possono rilevare varie combinazioni di germi e quindi i risultati possono essere diversi a seconda del laboratorio a cui ci si rivolge.

Le infezioni GI sono spesso causate dall'ingestione di alimenti o bevande contenenti batteri, virus o, più raramente, parassiti. Un esempio è rappresentato dalle uova poco cotte, il pollame, il latte non pastorizzato, l'acqua non potabile, come quella dei laghi e ruscelli o verdura/insalate non lavate o lavate con acqua contaminata (per maggiori informazioni si rimanda alla pagina Malattie trasmesse dagli alimenti).

I microrganismi responsabili delle infezioni gastrointestinali sono contenuti nelle feci degli individui infetti. Per questo motivo, le infezioni GI possono essere trasmesse per via fecale-orale (contagio interpersonale). E' pertanto importante la corretta igiene personale dopo l'utilizzo dei servizi igienici, così da limitare la possibile trasmissione dovuta al contatto con superfici contaminate, come i pomelli delle porte o i corrimano. Le persone affette da una patologia dell'apparato gastrointestinale dovrebbero, se possibile, astenersi dalla preparazione di cibi e bevande per altre persone. Molti agenti patogeni hanno un serbatoio animale (agenti zoonosici) e per questo la trasmissione dell’infezione può avvenire per contatto diretto via mani-bocca con animali domestici malati o portatori o, indirettamente, a seguito dell’ingestione di alimenti e/o acqua contaminati.

Talvolta le infezioni GI sono causate dalla crescita del batterio Clostridium difficile e dalla concomitante alterazione della normale flora batterica intestinale. Questa fa seguito all'assunzione di antibiotici ad ampio spettro che porta alla soppressione della flora normale ed alla crescita dei ceppi di C. difficile antibiotico-resistenti.

L'esecuzione dell'esame non è necessario nel caso d'infezioni moderate ed autolimitanti. Questa però si rende necessaria nelle forme gravi, come quelle caratterizzate dalla presenza di febbre, sangue o muco nelle feci, disidratazione.

Questo esame può anche essere richiesto nei viaggiatori di ritorno da aree a rischio per questo tipo d'infezioni (Africa centrale, Medio Oriente, Sud Est Asiatico).


Gli agenti patogeni meno frequenti non possono essere identificati tramite il pannello GI. Pertanto coprocoltura o ricerca di uova e parassiti possono essere richiesti per aiutare a stabilire una diagnosi.

Come e Perchè

Quali informazioni è possibile ottenere?

Il pannello GI è usato per rilevare contemporaneamente la presenza di molteplici agenti patogeni come virus, batteri o parassiti presenti in un campione di feci, per la diagnosi d'infezione dell'apparato gastrointestinale (infezione GI). Poiché le infezioni GI possono essere causate da moltissimi microrganismi, al pannello GI potrebbe essere necessario affiancare l'esecuzione di altri esami, come la coprocoltura o la ricerca di uova e parassiti.

Il pannello GI ricerca il materiale genetico (DNA o RNA) dei microrganismi. Il numero e il tipo di microrganismi ricercati dipende dalla composizione del pannello utilizzato. Esistono pannelli limitati ai soli microrganismi più comuni e altri più ad ampio spettro.

I microrganismi inclusi possono essere:

  • Virus: Rotavirus, Adenovirus, Norovirus, Astrovirus,
  • Batteri: Campylobacter, Salmonellaspp, Clostridium difficile, Yersinia, Shigella, E. Coli enteropatogeni, Vibriospp; Aeromonas
  • Parassiti:Giardia, Cryptosporidium, Entamoebahistolytica

Le gastroenteriti, almeno nei paesi industrializzati, sono forme in genere a risoluzione spontanea, che non lasciano conseguenze e non necessitano né dell’esecuzione del test né terapie specifiche, ma solo di terapie di supporto. Si valuta che il 10% delle persone colpite si rivolga al medico e che solo il 7% dei soggetti venga ricoverato per conseguenze legate alla malattia. La complicanza principale delle gastroenteriti, in particolare nei bambini e nei soggetti fragili, è la disidratazione.

Esistono tuttavia situazioni nelle quali può rendersi necessaria l'esecuzione dell'esame per la corretta identificazione dell'agente patogeno responsabile dell'infezione (forme gravi, soggetti immunodepressi, rischio di diffusione, ecc), per guidare le scelte terapeutiche e assicurare l'eliminazione della fonte dell'infezione ed il suo contenimento.

Il pannello GI consente d'identificare gli agenti patogeni più comuni e anche le co-infezioni, fornendo informazioni importanti per la diagnosi. Il risultato dell'esame può essere disponibile entro poche ore.

Dal momento che i test inclusi nel pannello GI sono stati introdotti nella diagnostica molto recentemente e sono costosi, i laboratori ed i clinici stanno ancora studiando come utilizzarli al meglio per ottenere il massimo d’informazione al minimo costo. Nel caso in cui vi sia il sospetto che l'infezione sia dovuta a patogeni non inclusi nel pannello GI, potrebbe essere necessaria l'esecuzione degli esami colturali come la coprocoltura o la ricerca delle uova e dei parassiti.

Il pannello GI non viene usato per il monitoraggio della terapia. 

Una volta identificato l’agente patogeno responsabile dell'infezione, un esame specifico per l'agente in causa può essere utilizzato al posto del pannello GI al fine di valutare l’efficacia della terapia. Questo è particolarmente importante, ad esempio, nel caso d'infezioni trasmesse dagli alimenti: gli operatori addetti alla manipolazione degli alimenti possono essere sottoposti agli esami di controllo per verificare l'efficacia della terapia prima del ritorno sul posto di lavoro.

Domande Frequenti

L'esame può essere eseguito ambulatorialmente?

Si, potrebbero essere richiesti ulteriori esami per la conferma di un risultato positivo, per l'esecuzione di un test di sensibilità agli antibiotici o per la presenza di risultati non definitivi.

Fonti

Fonti utilizzate nella revisione corrente

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